สีแดงและสีขาวของธงชาติอินโดนีเซียมีที่มาจากสีธงของอาณาจักรมัชปาหิต ซึ่งเป็นอาณาจักรชวาโบราณในสมัยคริสต์ศตวรรษที่ 13 ต่อมาในช่วงต้นคริสต์ศตวรรษที่ 20 ขบวนการชาตินิยมในอินโดนีเซียได้ฟื้นฟูธงนี้ขึ้นใช้เป็นสัญลักษณ์ต่อต้านการกดขี่ของเนเธอร์แลนด์ในอาณานิคมอินเดียตะวันออกของดัตช์ โดยธงสีแดง-ขาวได้โบกสะบัดครั้งแรกบนเกาชวาในปี ค.ศ. 1928 ภายใต้การปกครองของเนเธอร์แลนด์ในระยะนั้นทำให้ธงนี้มีสถานะเป็นธงต้องห้าม ต่อมาเมื่ออินโดนีเซียได้ประกาศเอกราชในวันที่ 17 สิงหาคม ค.ศ. 1945 ธงสีแดง-ขาว จึงได้ถูกชักขึ้นในฐานะสัญลักษณ์ของประเทศอินโดนีเซียครั้งแรก และมีฐานะเป็นธงชาติอย่างแท้จริงนับแต่นั้นเป็นต้นมา[4]
นอกจากนี้ยังมีประวัติของธงชาติอินโดนีเซียอีกทางหนึ่ง ซึ่งมีความเกี่ยวข้องอย่างสำคัญต่อธงชาติเนเธอร์แลนด์ ประวัติศาสตร์สายนี้กล่าวว่า ในสมัยภายใต้การปกครองของเนเธอร์แลนด์นั้นทุกพื้นที่การปกครองของอินเดียตะวันออกของดัตช์จะต้องชักธงสามสีของเนเธอร์แลนด์เป็นเครื่องหมายสำคัญ ธงใดๆ ก็ตามที่หมายถึงอินโดนีเซียจะเป็นธงต้องห้ามทั้งหมด เพื่อเป็นการแสดงออกถึงความต้องการขับไล่ชาวดัตช์ นักชาตินิยมและขบวนการเรียกร้องเอกราชของอินโดนีเซียกลุ่มต่างๆ จึงทำลายธงชาติเนเธอร์แลนด์โดยการฉีกเอาส่วนล่างสุดที่เป็นสีน้ำเงินออก คงไว้แต่เฉพาะสีแดงกับสีขาวเท่านั้น เหตุผลสำคัญคือสีน้ำเงินของธงชาติเนเธอร์แลนด์ในความคิดของพวกชาตินิยมคือเครื่องหมายของ “พวกอภิชนเลือดน้ำเงิน” ผู้กดขี่คนพื้นเมือง ในทางกลับกัน สีแดงได้กลายเป็นสัญลักษณ์เลือดในการต่อสู้เรียกร้องเอกราช ส่วนสีขาวนั้นอาจมีความหมายถึงความบริสุทธิ์ของชาวอินโดนีเซีย[4]
chatchai1997 